یکی از اشکالات بزرگ در محاسبه نرخ بازده داخلی یا IRR این حققیقت است که در این محاسبات نرخ سرمایه‌گذاری مجدد برای وجوه دریافت شده سود (یا کوپن ها در اوراق قرضه) مساوی نرخ بازده داخلی لحاظ شده است.
در محاسبات نرخ بازده داخلی تعدیل شده فرض بر آن است که وجوه دریافتی سود با نرخ سرمایه‌گذاری دیگری (معمولا نرخ هزینه موزون پول شرکت) مجددا سرمایه گذاری می‌شود که این عدد نرخ واقعی‌تری را برای بازده سرمایه‌گذاری و تخمین سود پروژه نشان خواهد داد.
این محاسبات را در قالب مثال ارائه می‌دهیم:
فرض کنید سرمایه‌گذاری ۲ ساله ای با سرمایه‌گذاری اولیه ۱۹۵ واحد پولی در سال اول ۱۲۱ و در سال دوم ۱۳۱ سود دهد. نرخ هزینه پول در این شرکت ۱۲ درصد است. برای محاسبه نرخ بازده داخلی از فرمول ذیل استفاده می‌شود:
NPV = 0 = -195 + 121/(1+ IRR) + 131/(1 + IRR)2 => NPV = 0 when IRR = 18.66%
حال برای محاسبه نرخ واقعی بازده داخلی پروژه (یعنی نرخ بازده داخلی تعدیل شده) محاسبات با لحاظ نرخ سرمایه‌گذاری مجدد ۱۲ درصد انجام می پذیرد. یعنی قیمت آتی وجوه دریافت شده با لحاظ سود ۱۲ درصد محاسبه می‌شود:
$۱۲۱(۱.۱۲) + $۱۳۱ = $۲۶۶.۵۲ = Future Value of positive cash flows @ t = 2
حال مبلغ محاسبه شده به مبلغ سرمایه‌گذاری اولیه تقسیم شده تا نرخ واقعی سود در پروژه بدست آید:
MIRR = sqrt($266.52/195) -1 = 16.91%
بدیهی است که عدد IRR عددی غیر واقعی بوده و سود واقعی دریافتی در این پروژه ۱۶.۹۱ درصد یعنی کمتر از ۱۸ درصد محاسبه شده توسط IRR است.