منظور از نرخ بهره بین بانکی نرخی است که در بازار بین بانکی تعیین می‌شود. این نرخ بر سایر بازارها تأثیر می‌گذارد؛ افزایش آن هزینه تأمین کسری را افزایش می‌دهد و بانکها حاضر می‌شوند با نرخ‌ها بالاتری به سپرده‌گذارها سود پرداخت کنند تا کسری خود را جبران کنند.مهمترین نرخی که در بازار پول کارکرد جهت‌دهی به نرخ‌های بهرۀ بازار را در اختیار دارد، نرخ تأمین ذخایر توسط سیستم بانکی است. نرخ بهره در اصل و منشأ، قیمت ذخایر است . بانکها زمانی که در پایان دورۀ مالی کوتاه‌مدت اعم از روزانه یا هفتگی، دچار کسری ذخایر می‌شوند، ناچارند آن را از سایر بانکها در بازار بین بانکی یا از بانک مرکزی استقراض کنند. نرخی که بانکها در این شرایط به ذخایر یا پایۀ پولی دسترسی پیدا می‌کنند، علامت‌دهنده و تعیین‌کنندۀ نرخ بهره در اقتصاد است .
از اینجا مشخص می‌شود که بانک مرکزی برای کنترل نرخ بهره در اقتصاد باید نرخ‌های علامت‌دهنده که همانا نرخ بهره در بازار بین بانکی و نرخ اضافه برداشت از بانک مرکزی است را کاهش دهد. این اقدام به طور خودکار، نیازمند افزایش در رشد پایۀ پولی بوده، یا رشد پایۀ پولی از تبعات آن است. تا زمانی که بانک مرکزی بر اضافه برداشت بانکها جریمۀ ۳۴ درصدی وضع می‌کند، به بانکها گرا می‌دهد که برای حفظ منابع خود تا این سقف بهره بپردازند.
اگر بانک مرکزی نرخ جریمۀ اضافه برداشت را بطور معنی‌داری کاهش دهد (که برای کنترل نرخ بهره چاره‌ای جز این ندارد) باید افزایش در میزان اضافه برداشت بانکها (رشد پایۀ پولی) را تحمل کند. مهم‌تر از آن و پیش از آن، اگر بانک مرکزی بخواهد تمایل بانکها به استقراض از بانک مرکزی را کاهش دهد، باید با تزریق پایۀ پولی (ذخایر) به بازار بین بانکی و افزایش در عرضۀ منابع، از میزان نرخ بهره در بازار بین بانکی بکاهد. وقتی بانکها بتوانند فرضاً با نرخ زیر ۱۵ درصد در بازار بین بانکی تأمین مالی کنند، به هیچ سپرده‌گذاری سود بیش از ۱۵ درصد نخواهند داد.
کاهش غیردستوری نرخ سود بانکی تنها از این مسیر ممکن است و این همان چیزی است که بانک مرکزی عملاً بدان پی برده است. نرخ سود بانکی با ابزارهای مستقیم دستوری و غیرمستقیم یعنی بازاری، قابل کنترل است. اگر سیستم بانکی کشور دولتی بود، دولت قادر بود به‌سادگی با یک بخشنامه حکم به کاهش نرخ سود بانکی و متناسب‌کردن آن با تورم کند، زیرا بانکهای دولتی به دلیل ذی‌نفع‌نبودن انگیزه‌ای برای تخطی از این دستور نمی‌داشتند. زمانی که نیروی پیش‌برندۀ سیستم بانکی از جمله در تعیین نرخ سود، انگیزه‌های غیرهماهنگ بانکها و مؤسسات اعتباری متکثر خصوصی است، کنترل‌گری این جریان امری بسیار پیچیده و خطیر خواهد بود. به عبارت دیگر، اعمال کنترل دستوری بر نرخ بهره در این شرایط، نیازمند سازمان اداری- نظارتی بزرگ و دقیق و در پیش گرفتن بگیر و ببندهای مکرر است که هم تمایل و هم توان اجرای آن در ایران محل تردید است، جدا از اینکه هیبت و شمایل ناخوشایندی داشته و در اکثر کشورها منسوخ شده است. لذا کشور نیازمند اتخاذ روش‌های غیرمستقیم در کنترل نرخ بهرۀ بانکی، مشابه اغلب کشورهای جهان است.نرخ سود بین بانکی متناسب با عرضه و تقاضا نوسانی بوده، به طوری که با افزایش تقاضا برای دریافت وام بین بانکی و از سوی دیگر عدم عرضه متناسب با آن، نرخ سود بالاتر می‌رود و برعکس.