۱. بزرگترین مشکل این روش، ممنوعیت درج شماره تلفن و نشانی در بنر های تبلیغاتی است چرا که اگر این اطلاعات هم به مخاطب ارائه گردد . بخش عمده ای از کسانی که علاقه مند به محصول مذکور شده بودند دیگر نیازی به کلیک روی بنر تبلیغی احتیاج پیدا نکنند و از طریق شماره تلفن یا نشانی به آگهی دهنده مراجعه می نمایند که در واقع نوعا نقض فلسفه آگهی کلیک بیس به حساب می آید. لذا در آگهی های کلیک بیس صرفا محصول یا خدمات آگهی دهنده شرح داده می شود و معرفی می گردد و امکان درج تلفن و نشانی و …. نیست.
۲. ممکن است آگهی دهنده بودجه مشخصی برای ۲ماه تبلیغ در یک سایت مقرر کرده باشد که این مهم با روش کلیک بیس همخوانی ندارد چرا که ممکن است کل آن بودجه ظرف ۲ هفته به دلیل علاقه زیاد مخاطبان و کلیک های زیاد روی بنر آگهی دهنده صرف شده و به اتمام برسد.
۳. لازمه آگهی کلیک بیس، برخورداری از ایده های نو و خلاقانه، متن هدفمند و حرفه ای تبلیغ، اجرای گرافیکی هنرمندانه و اثر گذار طرح آگهی (بنر ها) می باشد که چنین شرایطی در حالت معمول برای عموم آگهی دهندگان فراهم نیست و اگر هم باشد هزینه فراوانی برای آنها خواهد داشت که به صرفه و معقول نخواهد بود ضمن آنکه به جهت تکرر نمایش آگهی و عادت ذهنی و بینایی بازدیدکنندگان، آگهی های کلیک بیس در فواصل زمانی کوتاه می باید تغییر کنند و طرح های جدید برای آنها تهیه گردد که مشکل مذکور را چند برابر خواهد ساخت.