همان‌طور که اشاره شد شاید امکان ارائه راه‌حل‌های موقت و کوتاه‌مدت برای اصلاح مسیر حرکت صنعت پرداخت کشور وجود داشت اما این راهکارها در بلندمدت نمی‌توانست همه نیازهای جامعه را پاسخ دهد. بنابراین باید پاسخ این سوال داده شود که یک نظام کارآمد پرداخت باید چه خصوصیاتی داشته باشد و به چه نیازهایی پاسخ دهد. اولین و مهم‌ترین خصوصیت این نظام وجود ساز وکاری است که بتواند به طور دائمی در آن بهبود ایجاد کند. این بهبود باید همه‌جانبه و در راستای اهداف کلیه ذی‌نفعان باشد. از این رو باید متولی برای این کار در نظر گرفته شود و امکان گرفتن بازخورد از بازار پرداخت و کلیه ذی‌نفعان برای وی فراهم شود، همچنین ابزارهایی برای هدایت صنعت پرداخت و اصلاح انحراف در روش‌ها و برنامه‌ها در اختیار داشته باشد.

خصوصیت بعدی توجه کافی به ذی‌نفعان است و اصلی‌ترین گروهی که باید به آنها توجه کرد مصرف‌کنندگان نهایی یا فروشندگان و خریداران است. افزایش رضایت مصرف‌کننده و توجه به آن تضمین‌کننده پایداری و توسعه یک نظام مناسب است. به همین دلیل داشتن ابزارهای نظرسنجی و تحقیق و توسعه خدمات متنوع و جدید همواره مد نظر قرار گرفته است.

استفاده از ابزارهای پرداخت الکترونیکی همان قدر که تسهیل‌کننده است می‌تواند خطراتی نیز به همراه داشته باشد. در نظام پرداخت به مدیریت ریسک و امنیت توجه ویژه‌ای شده و این کار از طریق کنترل و نظارت متمرکز در شبکه پرداخت کشور قابل انجام است. در کنار همه تمهیدات باید از طریق فرهنگ‌سازی، سطح امنیت افراد و استفاده‌کنندگان را بالا برد. قاعدتا این کار نباید منجر به سلب اطمینان افراد از نظام پرداخت شود. تنها در شرایطی که اطمینان کامل از شبکه وجود داشته باشد از آن استفاده مناسب خواهد شد. با روش‌های مختلف در سطح جامعه دائما این احساس اطمینان تقویت شده و در سطح مناسبی تثبیت می‌شود.

لازم به ذکر است که افزایش ضریب امنیت پرداخت‌ها نبایستی منجر به پیچیدگی فرآیند‌ها شود، ساده‌سازی و سهولت استفاده از خدمات پرداخت برای اقشار مختلف جامعه یکی از خصوصیاتی است که باید به آن توجه شود. به این منظور استانداردسازی خدمات قابل عرضه از اهمیت ویژه‌ای برخوردار است.

این مجموعه همچنین باید بتواند از منابع موجود استفاده بهینه کند و هدایت به سمت استفاده مناسب از این منابع در اولویت است. در عین حال ساز و کار یکسانی برای فعالیت شرکت‌ها ایجاد می‌شود، به عبارتی قواعد بازی به شکلی تنظیم می‌شود که شرکت‌های ارائه‌دهنده خدمات بتوانند با یکدیگر برای افزایش کیفیت خدمات و ساختن بسته‌های خدمات متنوع رقابت کنند و منابع و تجهیزات خود را در جایی استقرار دهند که بیشترین منفعت را به کل جامعه برساند.